南京满吉日式拉面的汤底是风味的核心,最具特色的是浓郁的猪骨鸡骨混合汤底，而非单一猪骨熬制，熬制前需准备5斤带骨髓的猪筒骨、2斤整鸡、100克干昆布、50克干香菇，以及10斤清水，处理食材时，猪筒骨要提前用冷水浸泡4小时，中途换2次水去除血水，鸡则需冷水下锅焯水，捞出后用温水冲洗干净表面浮沫，熬煮时先将清水煮沸，放入昆布和香菇，小火煮20分钟后捞出，避免昆布的腥味融入汤底，接着放入猪筒骨和整鸡，保持大火煮沸后撇去表层浮沫，之后转最小火熬煮12小时，期间不能频繁开盖，否则会影响汤底的浓郁度，熬好的汤底需过滤掉骨头和杂质，只留清澈的浓白汤汁，这样做出来的汤底才不会有杂味，和店里的风味一致。
南京满吉日式拉面的叉烧选用的是猪梅花肉,口感软嫩不柴，具体做法是先准备1斤猪梅花肉，用厨房纸擦干表面水分，加入2勺生抽、1勺味啉、1勺料酒、1小块姜和2瓣拍碎的蒜，抓匀后腌制2小时，腌制好的肉放入平底锅，小火煎至表面金黄，然后倒入剩余的腌料，加入没过肉的清水，盖上盖子小火焖煮40分钟，期间翻面1次，让肉均匀吸收味道，煮好的叉烧放凉后切片，口感会更紧实，适合搭配拉面，溏心蛋的做法更简单，准备6个鸡蛋，冷水下锅，水开后煮6分钟，立即捞出放入冰水中浸泡5分钟，这样蛋壳更容易剥掉，剥好的鸡蛋放入由3勺生抽、2勺味啉、1勺料酒和100毫升清水调成的卤汁中，冷藏浸泡4小时，就能做出流心的溏心蛋，是店里拉面的经典搭配。
南京满吉日式拉面用的是手工细圆面条,这种面条煮好后筋道有弹性，不会容易坨，煮面时要准备足够的水，水开后放入面条，用筷子轻轻搅拌，避免粘连，煮3分钟后捞出，过一遍冷水，再放入热水中烫10秒，这样面条的口感会更筋道，搭配的配料除了叉烧和溏心蛋，还需要笋干、海苔、葱花和芝麻，笋干要提前用清水泡发，然后切成薄片，用清水煮5分钟去除咸味，这样吃起来不会太咸，海苔选用的是干海苔片，吃之前用手撕碎撒在面上，增加鲜味，葱花要选新鲜的小香葱，切成葱花，不要用大葱，否则味道会太冲，芝麻要提前用小火炒香，撒在面上能提升香气，这些配料的比例可以根据个人口味调整，比如喜欢吃笋干的可以多放几片，喜欢吃葱花的也可以多撒一些。
如果在家想做出接近南京满吉日式拉面的味道,不用完全照搬店里的熬制方法，比如猪筒骨可以用超市现成的，不用特意去市场挑选，熬制时间如果没有12小时，也可以缩短到8小时，只是风味会稍微淡一点，味啉是日式调料，超市的进口区就能买到，要是没有的话，也可以用少量白糖加一点白醋代替，能起到类似的提鲜效果，煮面的时间要注意，不能煮太久，否则面条会变软，影响口感，汤底可以一次多熬一些，分成小份冷冻起来，下次吃的时候直接加热，节省时间，叉烧也可以一次做好，放凉后密封冷藏，吃的时候切片加热，非常方便，要是喜欢吃辣，还可以加一点店里的辣油，或者自己用辣椒油和花椒粉调一点，这样在家做的拉面也能有店里的风味。